Như chúng ta biết: trong Tông thư "Tertio Millennio Adveniente" (Ngàn năm thứ ba đang đến) nói về việc chuẩn bị Ðại Toàn xá năm 2000, ÐTC đã ước muốn có một Hội nghị quốc tế để kiểm điểm lại việc đón nhận và thực hiện Công đồng Vatican II. Ngài đã liên kết hai biến cố lịch sử này với nhau. Công đồng Vaticanô II chuẩn bị cho Ðại Toàn xá. Cả hai đều theo đuổi một mục tiêu: Canh tân đời sống Giáo hội trong Ngàn năm thứ ba. Ðại Toàn xá chỉ giới hạn trong một năm. Công việc canh tân Giáo hội cần được tiếp tục. Giáo huấn Công đồng, như ÐTC nói trong diễn văn đọc trong buổi bế mạc Hội nghị quốc tế hôm 27.2.2000 vừa qua tại Phòng THÐGM thế giới: Công đồng Vaticanô II đã đem lại nhiều thành quả tốt đẹp cho Giáo hội trong 35 năm qua và sẽ còn đem lại nhiều ơn ích khác nữa cho Giáo hội và thế giới trong Ngàn năm thứ ba.
Tháng 10 năm 1985, nhân dịp kỷ niệm 20 năm bế mạc Công đồng Vatican II, ÐTC đã triệu tập Khóa họp bất thường THÐGM thế giới, để kiểm điểm việc thực hiện Công đồng. Cùng với ÐTC, các Nghị phụ, trong ngày bế mạc khóa họp, đã gửi cho Cộng đồng Dân Chúa một sứ điệp về công việc đã làm và kêu gọi đẩy mạnh việc thực hiện Công đồng. Các ngài viết: "Chúng tôi cam đoan dùng mọi phương tiện sẵn có để phổ biến và áp dụng giáo huấn Công đồng. Ðồng thời chúng tôi mời gọi các tín hữu, cách riêng các linh mục cùng với chúng tôi dấn thân trong công việc này, vì các ngài được gọi để cùng chúng tôi phục vụ Dân Chúa".
15 năm sau cuộc kiểm điểm của THÐGM thế giới, ÐTC thấy cần phải có một cuộc kiểm điểm khác trong Năm Thánh này. Ngài viết trong Tông thư "Ngàn năm Thứ ba" như sau: "Không thể nào không thực hiện một việc kiểm điểm lương tâm về việc đón nhận Công đồng Vaticanô 2, một ơn ban lớn lao của Chúa Thánh Thần cho Giáo hội vào cuối Ngàn năm thứ hai."
Thử hỏi : Tại sao phải có cuộc kiểm điểm lương tâm?
Trong sứ điệp kết thúc Khóa họp khoáng đại bất thường của THÐGM thế giới năm 1985, các Nghị phụ nêu lên một số căn cớ gây nên những khó khăn trong việc đón nhận và thực hiện Công đồng. Các ngài viết như sau: Cần phải ghi nhận sự kiện này: việc đọc văn kiện một phần nào đó, hoặc chọn lọc, theo sở thích và việc giải thích nông cạn giáo lý của Công đồng theo ý nghĩa này, ý nghĩa khác. Rồi có những thất vọng, bởi vì chúng ta do dự trong việc áp dụng đứng đắn giáo huấn của Công đồng hoặc áp dụng sai lầm. Vì đọc thoáng qua và lựa chọn, nên trình bày sai lạc về Giáo hội: coi Giáo hội như là một cơ cấu hoàn toàn thể chế (như các xã hội trần thế), quên hẳn yếu tố nền tảng tạo thành Giáo hội, mầu nhiệm Giáo hội. Cũng vì không hiểu thấu Giáo hội là gì, nên người ta đòi dân chủ hóa Giáo hội, đòi quyền này quyền khác.. liều đi dến việc "giáo sĩ hóa giáo dân và giáo dân hóa giáo sĩ ", không còn phân biệt chức Linh mục thừa tác do Bí Tích Phong Chức và chức linh mục chung của các tín hũu do Bí tích Rửa tội.
Sứ điệp của các Nghị phụ viết tiếp: Có lẽ chúng ta đã có trách nhiệm về những sai lầm và lạm dụng đã xẩy ra thời hậu Công đồng, để một số người, nhất là giới trẻ chỉ trích Giáo hội, vì Giáo hội bị coi là một thể chế phàm trần. Có lẽ chúng ta đã nói nhiều về việc canh tân bên ngoài Giáo hội, trái lại rao giảng quá ít về Thiên Chúa, về Chúa Kitô? Hơn nữa có lẽ chúng ta đã thiếu hẳn việc phân biệt sáng suốt: sự cởi mở của Giáo hội với thế giới không có nghĩa là chấp nhận tâm trạng và trật tự của một thế giới bị tục hóa.
Trong diễn văn đọc Chúa nhật 27.2.2000 vừa qua tại Hội nghị quốc tế về kiểm điểm việc thực hiện Công đồng, ÐHY Joseph Ratzinger, Tổng trưởng Bộ Giáo lý đức tin, nhận xét rằng: Nhiều lần Giáo hội bị coi là một thể chế nhân loại, hoặc bị đồng hóa với Vatican, với Giáo triều, với Giáo hội Roma, hay thậm chí với Vị Kế nghiệp Phêrô.
Vì những thiếu sót, sai lầm và lạm dụng xẩy ra, các Nghị phụ đưa ra một số điều kiện cụ thể mà các ngài coi là cần thiết cho việc chấp nhận nghiêm chỉnh và sâu xa Công đồng Vatican II. Các điều kiện này được thi hành theo bốn cấp bậc kế tiếp nhau: một sự hiểu biết sâu rộng hơn về Công đồng - một sự thu nhận (đồng hóa) trong tâm hồn - việc tái khẳng định ý chí, và một sự thực hiện cụ thể. Chỉ có sự tái khẳng định bên trong và thực hiện đứng đắn bên ngoài mới có thể làm cho các văn kiện của Công đồng sống động và đem lại sức sống cho Cộng đồng Dân Chúa.
Ngoài những điều kiện trên đây, các Nghị phụ còn đưa ra một số sáng kiến giúp cho việc đón nhận và thực hiện Công đồng: tại các Giáo hội địa phương cần phác họa một chương trình mục vụ cho tương lai, nhằm mục tiêu tìm hiểu biết sâu xa hơn và chấp nhận Công đồng. Ðể đạt tới mục tiêu này, trước hết cần phổ biến rộng rãi các văn kiện, giải thích và làm cho các văn kiện trở nên gần gũi hơn với Cộng đồng Dân Chúa. Giáo huấn công đồng phải được trình bày một cách tương xứng và liên tục, qua những buổi diễn thuyết, những lớp huấn luyện liên tục cho các linh mục, các chủng sinh, các tu sĩ nam nữ, cũng như cho các người lớn trong các buổi giảng đạy giáo lý. Các Hội nghị giáo phận và những cuộc hội thảo khác được tổ chức... là những cơ hội rất ích lợi cho việc hiểu biết và áp dụng Công đồng. Việc xử dụng các phương tiện truyền thông xã hội không thể bỏ qua, nhất là trong thời đại này. Sau cùng để tiến đến việc hiểu biết sâu xa và áp dụng nghiêm chỉnh Công đồng, việc đọc các Tông huấn của các Khóa họp THÐGM thế giới, từ năm 1967 đến nay, là điều rất ích lợi.
Sứ điệp của THÐGM năm 1985 kết thúc bằng những lời tha thiết sau đây: "Chúng tôi tất cả các Giám mục cùng với Phêrô và dưới sự hướng dẫn của Phêrô, chúng tôi đã dấn thân để hiểu sâu xa Công đồng Vatican II và thực hiện cách cụ thể trong Giáo hội. Ðây chính là mục đích của chúng tôi trong THÐ này (1985). Chúng tôi đã cử hành, đã kiểm điểm Công đồng và chúng tôi quyết tâm dấn thân cổ võ Công đồng. Sứ diệp của Công đồng Vatican II đã được đón nhận với sự ưng thuận rộng rãi trong cả Giáo hội và vẫn còn là "Magna Charta" (Bản Hiến chương) cho tương lai. Sau cùng, ước gì Lễ Hiện Xuống mới mà Ðức Gioan XXIII đã nói đến trong ngày khai mạc Công đồng, được thực hiện cho thời đại chúng ta và chúng tôi với các tín hữu của chúng tôi đang chờ đợi Lễ trọng đại này nơi Chúa Thánh Thần.
Ước mong và
giáo huấn của ÐTC và của các
vị chủ chăn Giáo hội về kiểm
điểm việc thực hiện Công đồng,
cách riêng trong Năm Thánh này, cần
được lắng nghe, nếu mỗi
người trong chúng ta: giám mục,
linh mục, nam nữ tu sĩ và giáo
dân muốn có một cuộc canh tân
thiêng liêng và một Mùa Xuân
mới cho chính mình và cho toàn
Giáo hội. Mỗi người trong chúng
ta phải thành thực công nhận và
thú tội trước mặt Chúa:
chúng ta đã có nhiều lạm dụng,
nhiều thiếu sót trong việc học hỏi,
hiểu biết và sống sứ điệp
của Công đồng, thậm chí không
biết gì đến Công đồng
hoặc không bao giờ đọc một
trong các văn kiện của Công đồng.