Chiều thứ Năm 17/06/99, ÐTC từ giã Ba Lan và trở về Roma.
Vì chuyến hành hương Czestochowa, nên chương trình từ giã Ba Lan thay vì diễn ra lúc 1 giờ trưa, thì được dời lại lúc 5 giờ chiều thứ Năm 17/06/99. Trong bài diễn văn chào tạm biệt ÐTC, Tổng Thống Ba Lan đã mời ÐTC trở lại thăm Ba Lan lần nữa. Ðáp lời Tổng Thống, ÐTC cám ơn tất cả mọi người đã góp công chuẩn bị, rồi lo liêu mọi sự trong thời gian viếng thăm, và đón tiếp ngài rất nhiệt tình. ÐTC cũng đã nhận định chung về chuyến viếng thăm như sau: "Tôi đã đến thăm Ba Lan để gặp tất cả mọi người không trừ ai, để nhắc lại cho mọi người vào lúc kết thúc Ngàn Năm thứ hai nhớ lại một sự thật căn bản trên đó Ðức Tin của chúng ta được xây dựng; đó là sự thật "Thiên Chúa là Tình yêu".. Ngàn Năm thứ ba đang đến. Chúng ta đã sống cuộc hành hương giờ đây sắp chắm dứt, trong tinh thần chuẩn bị cho Ðại Toàn Xá của Ơn Cứu Chuộc và để bước qua ngưỡng cửa Ngàn Năm Mới. Chuyến viếng thăm của tôi đã là thời gian để cầu nguyện chung với nhau và suy tư, là thời gian để cám ơn Thiên Chúa vì những gì đã xảy ra vừa phó dâng cho Thiên Chúa tất cả những gì người dân Ba Lan đang sống theo trong ngày hôm nay và sẽ đưa vào trong tương lai. Tôi tin rằng nhưng ngày đã qua là những ngày mang lại nhiều hoa trái và những hoa trái đó sẽ tồn tại. Thời gian viếng thăm sắp chắm dứt. Tôi hy vọng rằng tinh thần hòa bình, hiệp nhất và cộng tác trong tất cả những gì là tốt đẹp, là tinh thần đã hiện diện giữa chúng ta trong thời gian qua, thì cũng sẽ tiếp tục động viên những cố gắng của mội một người dân Ba Lan đang có tăm hồn gắng bó chăm sóc cho sự thịnh vượng của Quê Hương và niềm hạnh phúc của dân tộc Ba Lan. Xin Thiên Chúa chúc lành cho Quê Hương Ba Lan của Tôi và cho tất cả mọi người đồng hương của tôi."
Ðó là những lời cuối cùng của ÐTC trước khi lên máy bay về lại Roma. Các quan sát viên ước tính đã có khoảng 10 triệu tín hữu Ba Lan trực tiếp gặp ÐTC trong các biến cố của chuyến viếng thăm 13 ngày tại 21 địa điểm khác nhau.