Vụ làm án Phong Chân Phước Cha Pio kéo dài đúng 16 năm.
Roma - 01.05.99 - Vụ làm án phong Chân Phước cho Cha Pio được chính thức bắt đầu ngày 20 tháng 3 năm 1983; nhưng trước đó, ngày 16 tháng Giêng năm 1973, Ðức Cha Valentino Vailati, Giám Mục Manfredonia, đã xin Bộ Phong Thánh cho phép lập tòa án để xúc tiến công việc. Cha Pio qua đời tháng 9 năm 1968. Theo luật mới, sau 5 năm qua đời, mới được khởi sự việc làm án trên cấp giáo phận. Việc làm án trên cấp bậc giáo phận kết thúc ngày 28 tháng Giêng năm 1990. Tất cả các hồ sơ thu lại thành 104 tập gồm các bút tích và các chứng từ.
Ngày 17 tháng 10 năm 1987, Cha Paolino Rossi được bổ nhiệm làm Tổng Cáo Thỉnh Viên của Dòng Cappucin (Dòng của Cha Pio) và Cha Gerardo Di Flumeri, phó cáo thỉnh, để theo dõi tiến trình của vụ làm án phong Chân Phước.
Ngày 17 tháng 12 năm 1990, Bộ Phong Thánh công bố sắc lệnh về tính cách hợp pháp của vụ làm án trên cấp bậc Giáo Phận và ngày 22 tháng 12 cùng năm 1990, Cha Cristoforo Bove được chỉ định làm thuyết trình viên chính thức. Trong 5 năm kế tiếp, kể từ tháng 11 năm 1990, Cha Di Flumeri và ba vị cộng tác của cha cứu xét lại các tài liệu, để chuẩn bị hồ sơ chính thức của Bộ, do các tài liệu từ 104 tập tài liệu do Giáo Phận nộp, mà đúc kết lại thành 4 tập gồm 7 ngàn trang. Tháng Tư năm 1996, phó cáo thỉnh viên đến Salerno thu lượm thêm tài liệu liên hệ đến một trong rất nhiều phép lạ do lời bầu cử của Cha Pio. Ðây là một việc khỏi bệnh "lạ lùng" của một bà tên là Consiglia De Martino, nội trợ, lúc đó 43 tuổi, đã được lành trong 48 tiếng đồng hồ, sau khi gia đình cầu xin Cha Pio. Bà cũng là người rất sùng kính Cha Pio và thuộc nhóm cầu nguyện của ngài. Với phép lạ này, tiến trình phong Chân Phước Cha Pio đi vào giai đoạn kết thúc. Ngày 18 tháng 12 năm 1997, Bộ Phong Thánh công bố Sắc Lệnh công nhận tính cách anh hùng các nhân đức của Cha Pio và ngày 21 tháng 12 năm 1998, Sắc Lệnh công nhận phép lạ - việc chữa lành nhanh chóng, hoàn toàn và bền bỉ của Bà Consiglia De Martino - do lời bầu cử của Cha Pio. Việc chữõa lành này đã được Ủy Ban bác sĩ xác nhận ngày 30.04.1998, Ủy Ban các nhà thần học ngày 22 tháng 6/1998 và Bộ Phong Thánh ngày 20 tháng 10/1998. Và Từ ngày 21 tháng 12 năm 1998, đã khởi sự việc chuẩn bị lễ nghi Phong Chân Phước, được ấn dịnh vào ngày 2 tháng 5 năm 1999.